कुछ अल्पसंख्यक समूहों ने जहां सरकार द्वारा ऐसा आयोजन किये जाने और खासतौर पर सूर्य नमस्कार शामिल होने की बात का विरोध किया था, वहीं आज नाइक से मुलाकात करने वाले कुछ मुस्लिम संगठनों के प्रतिनिधियों ने कहा कि योग का विरोध कर रहे लोग मानवता के दुश्मन हैं और योग का धर्म से कोई लेना-देना नहीं है.
विदेश मंत्री सुषमा स्वराज ने कहा था कि योग के नियमों पर निर्णय लेने वाली एक समिति ने सूर्य नमस्कार को शामिल नहीं किया है क्योंकि वे इसमें सरल आसन चाहते हैं जिन्हें कोई भी कर सके. नाइक ने आज कहा, ‘हमने विवाद से बचने के लिए सूर्य नमस्कार को शामिल नहीं किया. और इसे करना कठिन भी है. लेकिन सूर्य नमस्कार धार्मिक नहीं है. हम चाहते हैं कि पूरा आयोजन सुगमता से हो.’
नाइक ने मुस्लिम संगठनों के प्रतिनिधिमंडल से मुलाकात के बाद संवाददाताओं से कहा, ‘श्लोक अनिवार्य नहीं हैं. श्लोक केवल प्रार्थनाएं हैं लेकिन ये अनिवार्य नहीं हैं. वे श्लोक पढने के बजाय अल्लाह का नाम भी ले सकते हैं. मैं मुस्लिमों से अनुरोध करता हूं कि कार्यक्रम में भाग लें और देश को संगठित करें.’ सूर्य नमस्कार को लेकर ऑल इंडिया मुस्लिम पर्सनल लॉ बोर्ड समेत कुछ संगठनों ने विरोध दर्ज कराया था और कहा था कि यह आस्था के खिलाफ है.